在咖啡生产地都会用比重选豆机(利用风力依照颗粒大小与重量分类)或是电子选豆机(依颜色调除瑕疵豆)防止杂质与瑕疵豆混入，但是防不胜防也是理所当然，还是必须靠人的双手挑选。

　　特别是未熟豆很难透过机器挑选去除，必须用手才行。而且这些未熟豆对于咖啡的味道会产生极不良的影响。瑕疵豆除了未熟豆外，还有死豆、虫蛀豆、黑豆、发霉豆、贝壳豆、发酵豆、破裂豆、带壳豆、可可等。

　　手选在生豆阶段进行一次，烘焙过后再一次，意思就是烘焙前后各进行一次。瑕疵豆的比例令人意外的高，要减少烘焙失败率，必须尽量购买高精度的优质咖啡豆;若仍旧害怕烘焙失败，调除瑕疵豆的步骤就不能偷懒。瑕疵豆是咖啡味道的致命伤。

　　以手摘法采收成熟变红的咖啡果实，照理说瑕疵豆混入的比率应该会低很多，然而实际上收成时会连同青色未成熟的果实也摘下来，有时候，为了追求采收效率，连树枝也一起折下。而水洗式咖啡因为精制过程必须经过多次水洗，所以较难混入石头、玻璃片等杂质，但若是非水洗式的自然干燥法咖啡，杂质混入的程度相当高。

　　烘焙咖啡时混入过多瑕疵豆，咖啡成品会出现颜色斑驳的情况。与正常的豆子相比，瑕疵豆氧化的速度异常快速，有事烘焙过后会呈现白色。在超市或咖啡店等店面常会贩售便宜的咖啡豆，将那些包装打开一看，大多可以发现其中混入了相当多烘焙不均的豆子，这都是因为省略了手选步骤直接烘焙而产生的结果。

　　要了解手选步骤的重要性，最快的方法就是杯测之用瑕疵豆烘焙萃取的咖啡液。喝下之后你会发现舌头会持续麻痹数小时。由此可证，手选是制作出美味咖啡不可或缺的重要步骤。大家往往将手选视为单调、无聊、无意义的行为而等闲视之，我觉得相当可惜。但我希望大家了解，瑕疵豆所造成的味道破坏是不论如何高明的烘焙技术都隐藏不住的。为了让烘焙顺利进行，事前的手选步骤相当重要。