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• 　　赭曲毒素（Ochratoxin A）是由青霉菌与曲菌所分泌的二级代谢产物，具肾脏毒性、免疫抑制性、致癌性等，属2B类致癌物。赭曲毒素霉菌普遍存在于大自然中，其中以黄豆、花生、玉米、咖啡豆等农产品如果保存不当，在高温多湿的环境下就容易受到赭曲毒素的污染，赭曲毒素若是长级积累在人体内，可能造成肾、肝等病变。因此如果有经常大量饮用咖啡的人，需特别留意。
   
  　　不过从咖啡豆加工制程来看，咖啡果实经过加工至生豆含水量仅剩12％，而烘焙过后的熟豆，含水率更是在5%以下，在干燥状态下存放，不易发霉。不过，咖啡豆若在海运过程受潮或是存放不当，仍会有产生赭曲毒素的风险。
   
  　　国内的大型咖啡进口商，都有咖啡仓储空间，存放大量生豆的仓库里至少有三层楼高，目的就是保持空气流通，如果遇到多雨季节则有专人负责维持仓储湿度，维持咖啡豆存放品质量。
   
  　　至于，咖啡豆是否有农药残留的问题，多数为贫穷落后的国家，农民施用农药不符经济效益，而且咖啡果实经加工处理后，残留农药的机率极低。而食药署历年的咖啡抽验结果，不合格率极低。
   
  　　不过，也有咖啡业者透露，咖啡边境查验是“抽样”，并非逐批检验，运气不好仍有可能喝到瑕疵豆。因此许多业者购买生豆后，会在烘焙之前，再进行人工筛选，确保豆子品质。甚至有些人会认为，没有经过人工筛选的大宗商业用咖啡豆，掺混瑕疵豆机率高，品质相对较差。
   
  　　“要经过人工挑豆才是好咖啡”的观念并不适用于一般大众，一般而言，会需要人工挑豆的咖啡，通常是品尝少量生产的精品咖啡，以及参与咖啡竞赛时用来杯测的咖啡。一般咖啡豆到加工后，都会依照产地、生厂高度、颗粒大小以及样品中的不完善数量（包含碎豆、卵石或树枝等）进行“分级”（grading）。
   
  　　而且现在咖啡豆自动化筛选，已从利用红外线辨识，进步到色选机，生豆进入导槽后，色选机会依照设定，将不符颜色设定的缺陷豆从豆流中吹出，经过色选的豆子，也还会经过输送带再进行人工筛选挑出明显的瑕疵豆。因此在选豆子时，厂商只需确认样品豆是否符合分级，因为经过分级的豆子自然有相对应的品质，在后续烘焙饮用时，无须过度担心。