手工分拣有效率，诀窍在分拣流程规则化
亲手从大量的咖啡豆中挑出
瑕疵豆，是件相当耗时费工的作业。不过，只要抓到诀窍就能够有效率进行。
挑出生豆中的瑕疵时，建议在无光泽的黑色托盘上摊开豆子。像发酵豆或未熟豆颜色会稍微偏黄，使用深色托盘比较容易辨别出来。至于烘豆后的手工分拣作业，为了容易看出烘焙颜色的差异，同样把熟豆摊开在铺了棕色棉布的托盘上，可让分拣工作更轻松。
将咖啡豆摊开后，即可开始挑出瑕疵豆，不过毫无章法的作业方式只会浪费更多时间。让手工分拣作业更有效率的诀窍，就是先决定作业的优先顺序，思考该从哪种瑕疵豆开始挑起。首先，检查的顺序是“颜色>光泽>形状”。先剔除“颜色”明显不同于生豆的异物与黑豆之后，再来就是没有“光泽”的死豆、发酵豆以及未熟豆，最后则是“形状”奇怪的贝壳豆、虫蛀豆等瑕疵豆。
关于手工分拣出的瑕疵豆比例，水洗法处理的生豆中约有15——30％、日晒生豆则会占40％。若一开始就能购入瑕疵少的生豆，当然最为理想；然而瑕疵难以避免，因此要预先估计扣除瑕疵豆后会减少的数量，才能推算必需的购买量。因为一颗瑕疵豆，导致花费时间与精力冲煮的咖啡毁于一旦，是十分可惜的事；为了避免遗憾，如果难以判断是正常还是瑕疵豆时，果断地挑出来会比较保险。
咖啡豆中常见的杂质：
1、石头
在阳光下自然晒干的咖啡豆多半会混杂小石子、砂砾、木片等异物。偶尔也会发现玻璃片或硬币等。
2、谷类
与石头的情况相同，在阳光下自然晒干的咖啡豆可能混入玉米等谷类或种子，也曾经看过胡椒粒。
常见的瑕疵豆型态：
1、贝壳豆、破裂豆
因为发育问题而变成贝壳状的豆子，称为“贝壳豆”；处理过程或运送时损伤的豆子，则称为“破裂豆”，两者都会造成烘焙不均匀。
2、发酵豆
采水洗法处理时，在发酵槽产生污染性发酵的豆子。采收后延迟处理或保存不当也会产生，烘豆时会散发怪味。
3、虫蛀豆
因为咖啡果小蠹等害虫于咖啡树上产卵，孵化后的幼虫啃食咖啡果实形成蛀洞，是造成咖啡浊味或怪味的原因。
4、发霉豆
因未完全干燥、运送过程或保存不当而发霉的豆子，即使烘焙过后仍会残留霉味。
5、未熟豆
咖啡果实尚未成熟就被采收的豆子。混入未熟豆的咖啡会有强烈腥臭味，散发出让人恶心、恶臭难闻的味道。
6、黑豆
在采收前就掉落变黑的豆子，或是完全发酵受损的豆子。是导致咖啡浊味及腐败臭味的来源。
7、死豆
未能正常结出果实的豆子，会导致咖啡风味偏淡及产生怪味。烘焙后的颜色也不佳，因此烘焙后较容易辨别。
8、臭豆
在附着果肉的状态下干燥，或果肉去除不完全的豆子。臭豆会释放出碘的气味或土味。
9、羊皮膜豆
因为脱壳不全等原因，残留内果皮的豆子，是造成咖啡出现涩味或杂味的原因。
可利用黑色不会反光的托盘辨别生豆
