咖啡属的植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡种、罗布斯塔种、利比里亚种，这三种称为“咖啡三大原生种”。

　　1、阿拉比卡种(学名CoffeE arabica)

　　阿拉比卡种的原产地是埃塞俄比亚的阿比西尼亚高原(即现任的埃塞俄比亚高原)，初期主要作为药物食用(伊斯兰教的情侣们用来当做治疗身心的秘药或暂用来醒脑)，13世纪培养出烘焙饮用的习惯，16世纪纪经南阿拉伯地区传入欧洲，进而成为全世界人们共同喜爱的饮料。

　　所有的咖啡中，阿拉比卡种的咖啡占75%～80%，它的绝佳风味与香气，使它成为这些原生种中唯一能够直接饮用的咖啡。但其对干燥、霜害、病虫害等的抵抗力过低，特别不耐咖啡的天敌——叶锈病，因而各生产国都在致力于品种改良。斯里兰卡就是一个例子。过去斯里兰卡曾是远近闻名的咖啡生产国，19世纪末却因为叶锈病的肆虐，咖啡庄园无一幸免。此后，斯里兰卡转而发展红茶产业，并与印度同列红茶王国。

　　阿拉比卡种咖啡豆主要产地为南美洲(阿根廷与巴西部分区域除外)、中美洲、非洲(肯尼亚、埃塞俄比亚等地，主要是东非诸国)、亚洲(包括也门、印度、巴布亚新几内亚的部分区域)。

　　2、罗布斯塔种(学名CoffeE robusta Linden)

　　在非洲刚果发现的耐叶锈病品种，较阿拉比卡种有更强的抗病力。人们都喜欢将罗布斯塔种与阿拉比卡种咖啡相提并论，事实上罗布斯塔种原是刚果种(学名CoffeE canephora)的突变品种，所以说，该拿来与阿托比卡种相提并论的是刚果种。然而直至今日，罗布斯塔种的名称已为大众惯用，而把它与刚果种视为同一种类。

　　阿拉比卡种咖啡豆生长在热带较冷的高海拔地区，不适合阿拉比卡种咖啡生长的高温多湿地带就是罗布斯塔种咖啡生长的地方。罗布斯塔种具有独特的香味(称为“罗布味”的异味，有些人认为是霉臭味)与苦味，仅仅占混合咖啡的2%-3%，整杯咖啡就成了罗布斯塔味。它的风味就是如此鲜明强烈，若想直接品尝它恐怕得考虑一下。它一般被用于速溶咖啡(其萃取出的咖啡液大约是阿拉比卡种的2倍)、罐装咖啡、液体咖啡等工业生产咖啡上。咖啡因的含量3.2%左右，远高于阿拉比卡种的1.5%。

　　主要生产国是印度尼西亚、越南及以科特迪瓦、阿尔及利亚、安哥拉为中心的西非诸国，近年来越南更致力于跻身主要咖啡生产国的行列，并将咖啡生产列入国家政策中(越南也生产部分阿托比卡种咖啡)。

　　3、利比里亚种(学名CoffeE liberica)

　　西部非洲为利比里亚种咖啡的原产地，对于不论是高温或低温、潮湿或干燥等各种环境，皆有很强的适应能力，唯独不耐叶锈病，风味又较阿拉比卡种差，故仅在西非部分国家(利比亚、科特迪瓦等)国内交易买卖，或者栽种来供研究使用。

　　在世界市场流通的咖啡中约有65%是阿拉比卡种

　　根据ICO(国际咖啡组织)的统计，扣除各咖啡生产国国内交易的部分，在世界市场流通的咖啡中约65%为阿拉比卡种，35%为罗布斯塔种。阿拉比卡种的特征是颗粒细长且扁平，罗布斯塔种的咖啡豆较浑圆，由形状即可轻易分辨出。

　　但若再加上阿拉比卡种与罗布斯塔种的杂交种[例如变种哥伦比亚( Variedad Colombia)次种，它属于哥伦比亚咖啡的主要品种，有1/4罗布斯塔种血统，因而能抗叶锈病且产量高]与其突变的次种咖啡豆，分类上会更加复杂。有的阿拉比卡种咖啡豆相当接近原生种，也有些阿拉比卡种相当类似于罗布斯塔种。即使咖啡名称相同(因为命名来自产地名称)，栽培品种不同，风味也就不同。