洪都拉斯自1821年独立以来至1978年，共发生139次政变，是拉丁美洲政变最频繁的国家之一。 内战造成混乱，令经济发展受影响，但是却很讽刺的让咖啡古种得以保留，时局太混乱，以至于萨尔瓦多的咖啡业者没能赶上中南美咖啡品种更新的风潮。
洪都拉斯于1821年9月15日宣布独立，但1822年被并入墨西哥第一帝国。1823年加入中美洲联邦，1838年10月退出中美洲联邦，成立共和国。1840年洪都拉斯在危地马拉独裁者拉斐尔·卡雷拉支持下，保守派弗朗西斯科·费雷拉建立独裁政府。1853年以后，洪都拉斯国内的自由派和保守派经常发生政变和内战，政权更迭频繁。金、银矿业遭到破坏、影响经济发展甚巨。从1840年代起，英国侵占洪都拉斯东部地区和巴亚群岛，修建铁路，并取得大片土地的租让权。
1957年大选中由自由党的拉蒙·比列达·莫拉莱斯胜选担任总统。1963年武装部队司令奥斯瓦尔多·洛佩斯·阿雷利亚诺在美国策动下发动政变，推翻了莫拉莱斯政权，并于1965年当选总统。1971年国民党拉蒙·埃内斯托·克鲁斯竞选获胜，但执政不久，阿雷利亚诺又一次发动政变上台。1975年武装部队司令胡安·阿尔韦托·梅尔加·卡斯特罗发动政变，取代阿雷利亚诺。而1978年武装部队司令波利卡波·帕斯·加西亚发动政变，组成以他为首的军人委员会
萨尔瓦多的咖啡占全国出口量的40%，采摘期一般在11、12月以及来年的1~3月。生豆出口几乎持续全年。在全国14个省份共有7个省份出产咖啡，以西北部地区的查拉特南戈（chalatenango）和圣安娜（santa ana）两省最多。萨尔瓦多所产咖啡为100%阿拉比卡，其中68%为波旁，波旁咖啡通常生长于海拔1062–1972米。而萨尔瓦多以得天独厚的山地河高原为主的地形，为波旁种咖啡的生长提供了适宜的环境。同时，萨尔瓦多适宜的温度和充沛的降水以及肥沃的土壤，也是孕育出品质上乘的咖啡豆的不可或缺的自然条件。萨尔瓦多的咖啡就像其他典型的海岛型豆子的风味特征一样，均衡、柔和、质地优良
萨尔瓦多所产咖啡为100%阿拉比卡，其中68%为波旁（Bourbon， Coffea arabica var. bourbon）,29% Pacas，其余品种包括Pacamara，Caturra等。
Pacas 品种，1949年首次在萨尔瓦多发现，是波旁种与卡图拉种的自然杂交品种。
Pacamara 品种，为 pacas 和 maragogipe （或maragogype）的人工选育品种，1958年首次培育（一说1954）。帕卡马拉种是难得的人工选育下的优秀品种，青出于蓝而胜于蓝，完美的继承了母株的优点，既有pacas种的出色口感，生豆颗粒同时继承了malagogipe的大个头。Pacamara种被认为是追求大个头阿拉比卡种的结果。
19世纪中期，萨尔瓦多原有的出口支柱靛蓝（Indigo，染料的一种）收到欧洲人工合成染料的发展逐渐衰退，咖啡在政府主导下逐渐成为主要出口产品。
1856年，首批693袋咖啡豆运往欧洲。一直到第二次世界大战，欧洲一直是萨尔瓦多的首席咖啡客户，二战以后，该地位被美国取代。
20世纪70年代，萨尔瓦多创纪录的生产了35万袋咖啡。随着内战的加剧，咖啡产业陷入动荡。
萨尔瓦多咖啡生产一度受国内政局不稳的影响，1992年各方签署和平协议，内战中止。咖啡产业开始复苏
