咖啡因因为本身具有的止痛作用，常与其他简单的止痛剂合成复方，但是，长期大量服用，如果你本身已有高血压时，使用大量咖啡因只会使你的情况更为严重。因为光是咖啡因就能使血压上升，若再加上情绪紧张，就会产生危险性的相乘效果，因此，高血压的危险人群尤其应避免在工作压力大的时候喝含咖啡因的饮料。研究显示，喝一杯咖啡后，血压升高的时间可长达12小时。

许多人都有喝了咖啡后因精神亢奋而睡不着的经验，这是因为人体内有一种叫做腺甘酸的传导物质，它能够控制神经活动，产生呼吸减缓、情绪减弱、降低胃酸分泌和利尿作用。而咖啡因会假冒腺甘酸，使体内以为腺甘酸的作用已经发生，让你感到精神充沛、胃酸增加、较为频尿，自然也较不容睡着。值得注意的是，这种咖啡因造成的短暂清醒，并不表示体力真的获得恢复。此外，每个人对咖啡因的新陈代谢速度不同，对其敏感度也就有所差异，所以有人在喝了咖啡后，并不觉得睡眠受到影响。因此，早上起床后来一杯热咖啡，可以振奋身心，让心情更加舒畅，而晚上则可能会造成失眠。

近年来由于人们对于钙质流失和骨质疏松的问题越来越重视，对于咖啡也产生相当的疑惑。至于咖啡因的摄取和骨质疏松症的关系，仍在持续研究中，目前并没有直接证据显示咖啡因会导致骨质疏松症，但是某些研究则指出咖啡因会增加钙质的流失。

咖啡爱好者应该多吃些高钙食品来补充钙质，如准备吉士片或吉士蛋糕等搭配咖啡用，不仅能补充钙质，还能使咖啡更加美味。