咖啡豆在收成之后必须马上处理，以免变质。产制者会用上两种处理的方法：日晒法及清洗法。有效的日晒法是将浆果平摊在院子里，并不时地搅动脱水中的浆果，使其均匀受热及透气。然后将干燥的浆果放进机器，将外壳压碎，并同时除去外壳及包在里头的一层羊皮纸状膜，把里头的咖啡豆分离出来，再进行分类及装袋。另外的一种做法，浆果先利用机械方式除去果肉，再清洗，最后是干燥以及将咖啡豆从羊皮纸状外膜中分离出来。无论是哪种方法，目的则一：将咖啡浆果里含有65%的水分，降到只含10~12%的生(青)咖啡豆。

要制作上等的咖啡，最大的挑战之一，是要确定从优良的生咖啡豆开始。顶级的制造商，好比说位于意大利特里斯特的意利咖啡公司，用上许多复杂的产程管理技术，来降低有缺陷咖啡豆的比例。其中包括用上紫外线萤光分析，来挑出发霉的豆子，以及利用三色的映像图(黄绿、红及红外线)，建立每一批豆子的色彩指纹。意利咖啡公司与英国梭泰克斯公司合作，发展出一种双色光的分类系统，在生咖啡豆就要进入烘培之前，做最后的品管。方式是由光电检测器从落在盘子上的豆子里，挑出其中的坏豆子，然后利用空气喷嘴的一吹，将其单独给剔除。这种分类的运作方式，速度可高达每秒400颗豆子，不是任何的人工所能相比;同时，它的精准度连最训练有素的人眼也比不上。

一颗完美成熟的生咖啡豆，由具有不寻常厚壁的细胞所组成，其厚度可达5~7微米，为植物界所少见。在烘培的过程中，这些直径在30~40微米的细胞作用像是微反应器，所有由加热所推动的重要化学反应，都在其中发生;咖啡迷人的味道及香气也由此产生。不成熟的咖啡豆一方面细胞壁较薄，再者，成熟过程中最后阶段所产生的重要香味蛋白前驱物质，亦付阙如。经过细菌或霉菌发酵过的豆子，细胞里的这些重要物质也都被排空了。