刚果盆地和尼罗河流域之间的分水岭从北向南穿过卢旺达，国内约80%的区域从尼罗河引流，另外约20%则从鲁济济河和坦干依喀湖取水。该国最长的河是源于西南部的尼亚巴隆哥河（Nyabarongo River），分别朝北、东和东南方向转向后流入鲁武武河并形成卡盖拉河，卡盖拉河将沿坦桑尼亚东部边境流向正北方。尼亚巴隆哥河与卡盖拉河最终都将流入维多利亚湖。卢旺达湖泊众多，其中以基伏湖最大。该湖位于艾伯丁裂谷底部，沿卢旺达西部边境延伸，最深处有480米，是世界上最深的20个湖之一。其它几个面积较大的湖泊包括布雷拉湖（Lake Burera）、儒洪多湖（Lake Ruhondo）、木哈子湖（Lake Muhazi）、鲁韦鲁湖（Lake Rweru）和艾希玛湖（Lake Ihema），其中艾希玛湖是阿卡盖拉国家公园东部平原一系列湖泊中最大的一个卢旺达属温带和热带高原气候，由于海拔较高，其气温比典型的赤道国家要低。位于该国中部的基加利日常温度一般在12至27°C之间，全年波动幅度较小。全国范围内也有一些地方温差较大，多山的西部和北部比东部低洼地区的气温要低。卢旺达每年有两个雨季，每一个从2月持续到6月，第二个从9月到10月；同时也有两个旱季，其中6到9月这个持续时间较长，经常完全没有降水，另一个则是从12月持续到次年2月，相对来说情况不及前一个那么严重。降雨量因地域而不同，每年西部和西北部降水较东部和东南部为多。不过，雨季模式已因气候变化而出现变动。战略前瞻组织的一份报告中称，每年阴雨天数有时会变少，但短时间内的降雨量更大。还有些情况下单一天内就会频繁出现倾盆大雨，降雨量超过以往一个月的总和。此外还存在雨季姗姗来迟或是提早结束的情况