90年代初，游击战争大大地破坏了该国的国民经济，使咖啡的产量从70年代初的350万袋下降到1990–1991年的250万袋。该国东部受游击战争影响最大，许多农夫和工人被迫离开庄园。资金短缺致使咖啡产量大跌，由过去的每公顷产量1200公斤下降到今天的每公顷产量不足900公斤。

此外，政府1986年对出口咖啡额外收取15％的关税，即在现存30％的税收之外再征收15％。税收连同不利的互兑率，使咖啡出口极度减少，质量也随之下降。

政府终于认识到咖啡在国民经济中的巨大作用，例如：解决就业、赚取外汇和发展农业生产等，因此在1990年把部分咖啡出口工业私有化，希望以此增加咖啡在出口市场中的所得率。

今天，这种咖啡占全国出口量的40％。质地最优的咖啡在1月到3月出口，35％的特硬豆出口德国

萨尔瓦多咖啡与墨西哥、瓜地马拉并列为阿萨、麦尔多集围的生产国，并且正与其他国家争取中美的前一、二名。产地高地者，为大小均称的大颗咖啡豆、香浓口感温和。与危地马拉和哥斯达黎加一样，萨尔瓦多的咖啡依据海拔高度进行等级划分，海拔越高，咖啡越好，依标高而分为三个等级：SHB（strictly high grown）=高地，HEC（high grown central）=中高地，CS（central standard）=低地；最好的品牌是匹普(Pipil)，这是阿兹特克——玛雅人(Aztec—Mayan)对咖啡的称呼，它已经得到了美国有机物证明学会(Organic Certified lnstitut eof America)的认可


Pacamara品种为Pacas和Maragogipe的人工培育品种。1958年由萨尔瓦多的研究人员首次培育。帕卡马拉种是难得的人工选育下的优秀品种，青出于蓝而胜于蓝，完美继承了母株的优点，既有Pacas种出色的口感，生豆颗粒同时继承了Maragogipe的大个头，豆体起码有象豆的70%-80%大，17目以上达100%，18目以上达90%，豆长平均1.03厘米(一般豆约0.8-0.85厘米)豆宽平均0.71厘米(一般豆约0.6-0.65)，厚度达0.37厘米，豆形饱满圆润。该品种最大的特色是酸味活泼刁钻，时而有饼干香，时而有水果味，厚度及油脂感极佳。以产自萨尔瓦多和危地马拉的品质最佳别小看萨尔瓦多的咖啡产量。全盛时期，它曾经是世界第四大咖啡产国，但内战了数十年，几乎拖垮咖啡业，所幸近年停止战乱，咖啡业亦恢复生机。内战为萨尔瓦多国家带来的唯一好处就是农民任田荒芜，未能赶上近二十年来最流行的卡提摩曝晒式栽培列车，因此保住了古老的波旁、铁毕卡品种，也就是说，萨尔瓦多仍采用最传统遮树荫的方式栽植，对咖啡的提香有正面意义。2005年，萨尔瓦多混血品种帕卡马拉在coe耀武扬威，让很多国际杯测师乱了阵脚，不知如何为它评分，万万没料到这款杂种豆不但打破了咖啡既有的香醇疆界，也拓展了萨尔瓦多咖啡能见度