1.爪哇岛 Java Coffee
最古老的产区，爪哇咖啡的盛名从18世纪印尼咖啡辉煌时代延续至今，提到爪哇咖啡，仍能令人联想到优质美味，当时最著名的拼配就是以爪哇咖啡搭配也门摩卡。此外，爪哇产区还有极富盛名的陈年咖啡Aged coffee，或者称作季风咖啡Monsooned coffee。
爪哇岛是印度尼西亚经济最发达的岛屿，也是人口最稠密的地区。
印尼首都雅加达位于爪哇岛西北，是东南亚第一大城市。此外，印尼第二大、第四大城市都位于爪哇岛。
爪哇是印尼最早种植咖啡的地区，早在18世纪就已经在世界咖啡市场上独领风骚。著名的爪哇摩卡，以爪哇咖啡混合也门摩卡而成，代表了一个时代的咖啡印象。此外，还有经典的季风咖啡Moosooned-coffee，或陈年咖啡Aged Coffee。
爪哇岛屿的咖啡种植最初以大型农场方式进行，由荷兰殖民者于18世纪建立，后来经历二战及诸多变革，逐渐转变为小型农户种植。优质的爪哇咖啡通常来自现存的五个大型农场。虽然爪哇咖啡产量只占印尼咖啡总产量的一成左右，然而却是印尼精品咖啡的重要构成。
岛上咖啡主产区位于Ijen Volcano周边的Ijen高地地区Ijen Plateau。
爪哇咖啡传统处理方式是水洗。
2.苏门答腊岛Sumatra Coffee
最具传奇风味的产区，知名咖啡标识包括曼特宁Mandheling, 林东Lintong，加尤山Gayo Mountain。
苏门答腊岛，旧称“金岛 ”、“金洲”，因富含黄金矿藏知名。
苏门答腊岛地形狭长，岛上地形主要是由西北至东南方向纵观全岛的巴里散山脉Barisan Mountains及东部低地。山脉绵延，拥有90多座火山和众多火山湖，火山提供了适宜咖啡生长的肥沃的土壤。为热带雨林气候，终年高温多雨。
苏门答腊岛是印尼咖啡的最大产地，知名咖啡的种植区主要集中在北部山地，包括最北端的亚齐省Aceh，北苏门答腊省Sumatera Utara。包括知名的曼特宁Mandheling, 林东Lintong，加尤山Gayo Mountain。
Mandheling咖啡的命名，据说来自当地生活的民族，mandailing，产区多指向多巴湖北部山地，具体产区待查证。
Lintong咖啡，产自北苏门答腊省、苏门答腊岛最大火山湖多巴湖Lake Toba周边山麓，名称来自多巴湖西南名为lintong的小镇。
1696年，当时荷兰驻印度Malabar的总督将一批咖啡苗送给荷兰驻巴达维亚batavia（今雅加达Jarkata）的总督，这是印尼首次种植咖啡。不过，这第一批咖啡苗被洪水冲毁。1699年，巴达维亚再次接受馈赠，这一次，咖啡苗顺利成活下来，并在1701年迎来第一次收获，开启了印尼的咖啡之旅。
最初，咖啡种植于雅加达及附近区域，后来，种植区域逐渐扩大到爪哇中部及东部，苏拉威西岛、苏门答腊岛、巴厘岛也开始种植。与此同时，在印尼东部，当时隶属葡萄牙领地的弗洛勒斯岛Flores及帝汶岛Timor也有咖啡种植，只是咖啡苗的源头不同。
1711年印尼咖啡就开始供应欧洲市场，彼时，印尼是非洲及阿拉伯之外，第一个大规模种植咖啡的国家。18世纪80年代成为当时世界最大咖啡出口地。Java咖啡的声名始于此。
印尼咖啡的繁荣的未能持续，18世纪末咖啡生产受到致命打击，最初发现于西爪哇的叶锈病迅速蔓延，摧毁了印尼的阿拉比卡咖啡庄园。咖啡贸易的首领地位被美洲产国取代。不过，值得一提到是，这场叶锈病灾难并没有祸及东部印尼产区，即弗洛勒斯岛和帝汶，现今，帝汶的某些咖啡树，其基因可以追溯到16、17世纪。
根据ICO数据，2013年，印尼咖啡产量居世界第三位，虽然80%都是罗布斯塔
