乌干达各地人民对英国的侵略进行了顽强的抵抗。1893年，英国派兵侵占布尼奥罗王国，国王卡巴雷加率领部分民众进行了长达 6年的游击战。1897年，布干达国王姆旺加举兵反英，后来在兰戈地区与卡巴雷加会合。1899年 4月，两位国王被俘，起义失败。为了便于统治，英国保存了布干达、布尼奥罗、托罗、安科莱等封建王国及其君主，其中布干达保留了较多的权利。但行政大权控制在以总督为首的英国殖民官员手里。直到第二次世界大战后，个别非洲人才被允许参加殖民当局的行政和立法机构。在经济上，英国将乌干达变为棉花、咖啡等农产品供应地，竭力阻挠非洲人自己发展商业和加工业
乌干达是罗布斯塔种咖啡的原产国，但在这里阿拉比卡种的商业种植直到1900年初才开始。时至今日在乌干达依然有着大量的野生罗布斯塔种咖啡树，这在世界上都市罕有的。作为内陆国乌干达大的咖啡种植往往采取套种，在这里咖啡树与粮食作物以及橡胶树夹杂在一起交相辉映，因为自然环境的得天独厚，这里的咖啡平均一年咖啡花两次，这也使得乌干达成为了世界第一大咖啡蜂蜜的生产国乌干达咖啡种植业是其出口支柱产业之一，乌干达是非洲罗布斯塔发源地，如同埃塞俄比亚是阿拉比卡咖啡的原生地，罗伯斯特咖啡则是最早在乌干达发现的。至今，乌干达已有超过100年种植咖啡的历史。同时，乌干达也是非洲少数致力于有机咖啡生产的主要国家。在乌干达（Uganda），阿拉比卡咖啡豆的产量只占全国咖啡总产量的15％，乌干达最好的咖啡主要出产于东北部的沿着肯尼亚边界的埃尔贡（Elgon）和布吉苏（Bugisu）山区以及西部的鲁文佐里（Ruwensori）山区。