公元3－7世纪建立了一些分散的封建王国。有记载的的朝代包括信奉佛教的室利佛逝（7世纪中叶~1293年）[4] ，后被麻喏巴歇征服；控制马六甲海峡的新柯沙里王国（1222~1292年）[5] ，引发了元爪战争，之后王室借助元朝军队在爪哇建立了印尼历史上最强大的麻喏巴歇封建帝国（1293~1478年）。
15世纪，葡萄牙、西班牙和英国先后侵入。1596年荷兰侵入，1602年成立具有政府职权的“东印度公司”，1799年底改设殖民政府。
1942年日本占领印尼，1945年日本投降后，印尼爆发八月革命，1945年8月17日宣布独立，成立印度尼西亚共和国。
印度尼西亚独立后，先后武装抵抗英国、荷兰的入侵，发动了三次独立战争。1947年后，荷兰与印尼经过多次战争和协商，于1949年11月签订印荷《圆桌会议协定》。根据此协定，印尼于同年12月27日成立联邦共和国，参加荷印联邦。
1950年8月印尼联邦议院通过临时宪法，正式宣布成立印度尼西亚共和国，同一年印尼成为联合国第60个成员国。1954年8月脱离荷印联邦。
1967年，印尼与马来西亚、菲律宾、新加坡和泰国成立了 “东南亚国家联盟”（ASEAN，简称“东盟”），东盟已经拥有10个成员国，印尼是最具影响力的成员之一。[6]
1997年亚洲金融危机对印尼造成全面冲击，引起局势动荡。
1998年5月，执政长达32年的苏哈托总统辞职，副总统哈比比接任总统。1999年10月，印尼人民协商会议（简称人协）选举瓦希德为总统，梅加瓦蒂为副总统。2001年7月23日，人协特别会议以渎职罪罢免瓦希德总统职务，梅加瓦蒂接任总统，哈姆扎·哈兹任副总统
在亚洲区出产的咖啡，最著名的相信是印度尼西亚的咖啡了。较为著名的品种有苏门答腊的曼特宁、西列比丝的卡努丝、爪哇的巴宏和针必及位于印度尼西亚南部弗洛斯岛的AP等。
苏门答腊的曼特宁咖啡豆一半是"水洗"豆，而另一半会是"风干"豆，生豆卖相非常难看，很多初入门的咖啡烘焙商会对它的外表形状产生误解，认为自己给人家骗了。但当曼特宁咖啡豆在烘焙后，尤其是在深度烘焙后，它的外观是丰富而圆润，质感浓厚，表面上的咖啡油也非常吸引，带有果糖浆味，味道浓烈带一些甘苦，还带有强烈和特殊的香气。此外曼特宁可以帮助消化，乃一充满阳刚气的咖啡。苏门答腊还有另外一款的水洗豆叫"基幼山GayoMountain"，这款咖啡豆是由接驳的咖啡树生长出来，生产数量并不多，所以也不是有很多人认识，在烘焙后它带有丁香和豆蔻的香料风味，口感也不错。
西列比丝的卡努丝（Kalossi）咖啡豆大多是水洗豆，这款豆的质感比较厚，但果酸性也高，而且含有野菇和类似中草药的味道，并不是太多人喜欢，大部分卖往美国和日本。在西列比丝另外较为著名的是陈年咖啡豆，但价格非常昂贵，而且要储存在温暖而潮湿的气候才会得到最佳效果。陈年咖啡豆在烘焙后会完全找不到任何酸味，它的质感丰厚，味道甘醇，效果就像陈年红酒一样，咖啡爱好者有机会到印度尼西亚的西列比丝必定要试一试。
爪哇咖啡豆到了现在已经失去了它们以往引以为傲的名称："摩卡-爪哇"，因为在上世纪70年代的初期，农民将传统的咖啡树砍掉，改为种植了一些高产量和高利润的咖啡豆。在爪哇，大部分的咖啡豆都是用高温机器去烘干，所以它们已经失去了咖啡的真实感，在烘焙后酸味会很明显，可以说爪哇已经很难再找到高质量的"阿拉伯加"咖啡豆
