在水洗过程中，果实的果皮和果肉经特殊的去浆机处理与咖啡豆剥离。咖啡豆随后进入发酵缸进行发酵处理，以使粘膜不再粘滑。黏膜中的糖分会在发酵过程中被分解。根据发酵手法的不同，发酵的时间通常为12小时至6天（一些种植者会利用淋水系统发酵咖啡豆。这种方法被称为“肯尼亚水洗法（Kenyan method），通常会持续数日）。决定何时停止发酵极为重要。一旦咖啡过度发酵，咖啡的味道就会变得过酸。一旦粘膜的粘性物质被分解殆尽，人们就会利用大量的水将其冲洗下去（生豆处理过程中产生的废水被认为是咖啡工业的污染源头。如今，很多地区正在研究先进技术，以回收利用并过滤这一过程产生的废水）。水洗发产生于19世纪，也被称为“湿法加工”。

严格受控的发酵过程会提高咖啡的酸度，并会在咖啡最终的口味中有所体现。但只要在发酵过程后立即进行水洗处理，咖啡的口味就可以得到提升，并带有明亮的酸味种方法在巴西极为常见。自然水洗法与水洗法极为相似，不同之处在于自然水洗法是用高压水洗机去除咖啡表层的粘膜的，从而跳过的发酵过程。巴西和哥伦比亚的数家咖啡生豆处理公司已将这种方法申请专利，并成为了当地的自然水系加工发垄断企业。这种方法的用水量远低于水洗发，因此有些人习惯称之为“半干燥法（Semi-Dry）”。由于没有经过发酵，咖啡豆并不存在（或仅存在极低的）发酵风险，咖啡的整体品质更加恒定。但不幸的是，咖啡由于没有发酵，口味会趋于平淡。因此，种植者不会对超高品质的咖啡豆种使用自然水洗法。大部分生豆采购公司也很少购买经自然水洗法加工处理的咖啡哦度