精品咖啡豆的生长环境也有较高要求。一般生长在海拔1500米甚至2000米以上的高度，具备合适的降水，日照，气温及土壤条件。一些世界著名的咖啡豆还具有特殊的地理环境，如蓝山地区的高山云雾，科纳的午后“飞来之云”所提供的免费阴凉，安提瓜的火山灰土壤，这些为精品咖啡的生长提供了条件。
瑕疵名称：全黑豆
SCAA 级别 :
全黑豆是一种一级瑕疵；
1颗明显的全黑豆＝1个完整瑕疵
瑕疵名称：局部黑豆
SCAA 级别 :
局部黑豆是一种二级瑕疵；
1颗豆中一半以下颜色为黑色，3颗豆＝1个完整瑕疵
成因:
1)农业: 变黑，是微生物过度发酵产生色素而导致的结果。
预防措施:
1) 农业。黑豆可在采摘时预防，只从树上采摘成熟的果实，而且避免在农场处理时过度发酵。
2) 处理。当咖啡豆内果皮去掉以后，黑豆非常明显。它们通常较小而且密度低，有些可以通过筛网和密度分级器移除。最有效挑选黑豆的方法是通过手选或颜色分级器。
瑕疵名称 :全酸豆
SCAA 级别 :
全酸豆是一种一级瑕疵；
一颗全酸豆＝一个完整瑕疵
瑕疵名称 :局部酸豆
SCAA 级别 :
局部酸豆是一种二级瑕疵；
一颗豆中一半以下是酸豆，3颗豆＝1个完整瑕疵
成因:
农业和处理。酸豆是发酵引起的，它是在采收和处理过程中多处被微生细菌污染所导致的结果。具体原因包括：采摘过度成熟的果实，采收已落下的果实，处理时水污染，或果实还依附在树上时由于潮湿环境过度发酵。
预防措施:
1) 农业: 只采摘成熟的果实（避免过度成熟的果实），不要采收已落下的果实，不在靠近江河湖海或水坝的低海拔地区种植咖啡，以避免过度发酵咖啡豆。
2) 处理: 酸豆可通过以下方法避免确保及时去除果肉（采摘后立即去除，避免拖延存储）。全水洗处理时，控制在发酵池的发酵时间。在水洗出来过程中避免污染或循环用水。干燥处理时应及时且持续完成。当咖啡豆去除内果皮后酸豆显而易见，颜色分级器和手选分级可去除多部分酸豆。
瑕疵名称 :霉菌豆
SCAA 级别 :
一级瑕疵。
1颗霉菌豆＝1个完整瑕疵
成因:
农业和处理。霉菌豆通常被曲霉和青霉真菌感染，从采摘到存储，不适宜的温度和湿度会使镰胞菌属对咖啡豆的传染无处不在。它将诱导霉菌增长。如果霉菌孢出现，真菌只会在这些条件下生长。
预防措施:
1)农业: 从咖啡必须种植在温度湿度适宜的产区，这种环境也适宜霉菌生长，必须尽力抑制从霉菌源中产生带菌物。包括采收来自地上或严重虫蛀的果实，以及遗留在采收篮和干燥槽内的咖啡豆。
2)处理: 良好的鲜果加工和脱壳加工的过程可以预防咖啡的感染。感染的原因包含去除果肉时咖啡豆断裂或破损而无法控制发酵，豆子遗留在发酵池内，延缓干燥，中断干燥过程，虫蛀，以及将带壳豆存储于高湿高温的条件下。
3)农艺: 只采摘成熟的果实（避免过度成熟的果实），不要采收已落下的果实，不在靠近江河湖海或水坝的低海拔地区种植咖啡，以避免过度发酵咖啡豆。霉菌豆在咖啡豆脱壳加工去除内果皮时显而易见。在这一阶段，颜色分级器会去除多部分重度霉菌感染咖啡豆，而轻微霉菌豆则只能通过手选去除。
瑕疵名称 :异物
SCAA 级别 :
一级瑕疵。
1个异物＝1个完整瑕疵
成因:
多种：异物会在任何过程中产生。
预防措施:
1)农业: 无。
2)处理:异物可通过以下方式移除或避免：
采摘时注意树枝和叶子。
在晒场晾晒时注意其他物质，如石头，木屑，钉子等
在脱壳加工厂，使用适当的设备，如去石机，磁体，有效移除异物。
瑕疵名称 :咖啡干果／干豆荚
SCAA 级别 :
一级瑕疵。
1个干果
或干豆荚＝1个完整瑕疵
成因:
1)农业: 干旱和疾病使果实在树上变干，甚至掉落在地上。
2)处理: 在水洗处理咖啡中，咖啡干果或干豆荚的存在是由于低端的去除果肉过程和在接收站用水初选漂浮豆（干果）失败的结果，设备缺乏保养或调整。在日晒处理的咖啡中，咖啡干果或干豆荚的存在是不适合的去壳处理和分级导致的结果。
预防措施:
1)农业: 避免从地上或树上采收干果实。
2)处理: 干果太多时，脱壳机不能有效去除。在接收站移除所有漂浮豆，保持去除果肉机正确校对和保养将会减少干果的产生。任何通过脱果肉机的干豆荚都可在脱壳加工时通过度分级器挑选移除。
瑕疵名称 : 虫蛀豆
SCAA 级别 :
严重虫蛀豆属于一级瑕疵，3或更多穿孔
5颗严重虫蛀豆＝1个完整瑕疵
SCAA 级别 :
轻微虫蛀豆属于二级瑕疵，少于3个穿孔
10颗轻微虫蛀豆＝1个完整瑕疵
成因:
1)农业: 浆果虫是一种咖啡种植中最严重的虫害。这种虫（咖啡果小蠹）在咖啡果和树中啄洞，在软的种子中挖掘通道并产卵。新生虫卵通常从另一端出现，使一颗咖啡豆中产生两个洞孔。一颗豆中有多条通道是不常见的。这种虫病的发病率往往随着海拔的增加和下降。
预防措施:
1)农业: 避免虫蛀咖啡最好的方法是注意观察并杜绝虫害繁殖喜欢的条件。喷洒药物是一种选择，但是它的影响有限，需要综合病虫管理技术（如：真菌管理特殊设计）（球孢白僵菌）还有非洲黄蜂的使用, 由于虫害在种子内繁殖，很有必要捡出所有掉落在地上的咖啡果以消除其繁衍扩散的条件。另外，成熟果实的果肉能够承载病虫，因此在树和完全堆肥之间应该保持合理的距离。在采摘时识别健康和虫蛀果实是不可行的，因为虫蛀损害一般在内部，如果不是非常细心观察根本无法发现。
2)处理: 到运送的脱壳加工厂后，虫蛀咖啡豆在脱除内果皮后便显而易见。在这一阶段，密度分级器可以移除多部分严重虫蛀豆。如果严重感染的咖啡应该使用手工挑选。严重虫害感染对咖农有毁灭性的影响，会使大部分收成无法出口。
湿磨过程中破坏
干磨过程中破坏
瑕疵名称 : 破损豆，破裂豆，断裂豆
SCAA 级别 :
二级瑕疵：5颗破损豆＝1个完整瑕疵
成因:
1)处理: 破损豆，破裂豆或断裂豆通常在去除果肉过程中或脱壳处理时由于机器调整错误，使豆子过度摩擦或使用过大压力而出现。
预防措施:
1)农业: 采摘和处理只成熟的果实，因为未成熟或不全熟的果实不能正确去除果肉。未成熟的果实根本无法去除果肉。
2)处理: 注意调整除果肉机以避免对豆子的过度压力或摩擦。
在脱壳加工厂，调整脱壳机以避免豆子的摩擦，且使用密度分级器和大小分级机移除小形的破损豆破裂豆或断裂豆。较大的豆子必须用颜色分级器或手工分级。
瑕疵名称 :未熟豆
SCAA 级别 :
二级瑕疵。
5颗未熟豆＝1个完整瑕疵
成因:
1)农业: 未熟豆是由于多种原因导致未完全生长好而形成，包括不适当采摘未熟豆和高海拔地区由于完熟品种而导致的采摘不均匀。
预防措施:
1)农业: 未熟豆可以通过仅采摘成熟果实而避免，也可以在中高海拔地区培养早熟的品种。
2)处理: 未熟豆可在鲜果加工和脱壳加工时被移除。鲜果加工时，很多未熟豆在除果肉后壳通过目数大小区分。脱壳加工时，很多未熟豆可通过密度分级被移除，但是很多颜色分级机无法移除这种瑕疵。
瑕疵名称 : 死豆
SCAA 级别 :
二级瑕疵。
5颗豆＝1个完整瑕疵
成因:
1)农业: 死豆的主要成因是咖啡豆在果实中成长时水的缺乏（干旱）。这种损伤取决于密度和干旱持续时间。如果咖啡植物脆弱或不健康，对豆子的损伤机率非常高。
预防措施:
1)农业: 保持咖啡树适当吸收营养，健康成长以降低伤害度。然而气候失调现象，如“厄尔尼诺“会给农作物带来毁灭性的影响。在干燥时期，太多或错误的隐蔽树与咖啡树争夺土中的水分。
2)处理: 重度死豆的密度较低，会漂浮在水面。在早期的水清洗过程中可将其移除。在脱壳加工时，尺寸小密度低的死豆会在密度分级器中被移除。较大较厚的的死豆需要通过手工挑选出来。
瑕疵名称 :漂浮豆
SCAA 级别 :
二级瑕疵。
5颗漂浮豆＝1个完整瑕疵
成因:
1)处理: 这种瑕疵是由于不适当的存储和干燥产生。通常由于带壳豆遗留在干燥机的角落或晒场上而产生已褪色且密度低的豆子。带壳豆存储在湿度高的条件下也能产生漂浮豆。
预防措施:
1)农业: 无。
2)处理: 带壳豆必须均匀干燥至一个非常合适的含水量。在脱壳加工时，一些低密度的漂浮豆可通过密度分级器被移除，但是一些高密度的需要通过颜色分级器和手工分级挑选出来。
瑕疵名称 :贝壳豆
SCAA 级别 :
二级瑕疵。
5颗贝壳豆＝1个完整瑕疵
成因:
农业: 这是一个自然现象，由于遗传导致。
预防措施:
1)农业: 挑选适当的咖啡品种并优化种植条件。
2)处理: 在脱壳加工时，贝壳豆可通过密度分级被移除。
瑕疵名称 :带壳豆
SCAA 级别 :
二级瑕疵。
5颗带壳豆＝1个完整瑕疵
成因:
处理: 这种瑕疵出现在脱壳加工中，由于脱壳机不适当的校准而导致。
预防措施:
1)农业: 无
2)处理: 在脱壳加工时，保持脱壳机适当校准和保养。带壳豆可通过密度分级器移除。
瑕疵名称 : 果壳／果皮
SCAA 级别 :
二级瑕疵。
5个果壳＝1个完整瑕疵
成因:
1)处理: 果壳或果皮通常出现在日晒处理的咖啡中，没有适当清洁。低端的除果肉机校准会产生鲜果皮碎片，最终干燥成干果壳。
预防措施:
1)农业: 无。
2)处理:
鲜果加工：正确校准和调整除果肉机；
脱壳加工：注意排风（风选）过程。注意密度分级器的校准和调整。
