在上集我们知道病虫害会摧毁咖啡的生长，也大致了解咖啡的害虫种类。这一篇我们来看咖啡树的疾病。
疾病也是咖啡农及咖啡树的一大威胁，以下为常见的几种疾病：
咖啡叶锈病
这个真菌感染的疾病是全球性的问题，而许多农民已经为了抵御此疾病努力了许久。英国广播公司BBC强调此疾病有能力削弱甚至毁灭该国的咖啡产业，特别是以咖啡为主要经济作物、倚赖外销出口的咖啡产国。
2012年叶锈病严重打击了中美洲的咖啡业，并在之後的两年造成超过十亿美元的经济损失。
这个疾病会让咖啡叶子的背面出现橘色有如铁锈的斑点，这个疾病会导致叶子掉落，就像咖啡潜叶虫带来的影响一样。风吹雨淋都会传播叶锈病的真菌孢子，且这种真菌会在约21°C大量生长，所以这个疾病最常出现在种植於低海拔、温暖、潮湿等气候条件下的阿拉比卡树。
由於此病限制了新茎的生长，不仅会影响当年度的产量，也会对隔年的咖啡收成带来显着的影响。
受叶锈病感染的咖啡树无法产出完全成熟的果实，即使成功生长出果实，也会产出重量较轻、喝起来有涩味的瑕疵豆。法国的研究报告指出：「严重感染叶锈病的咖啡树，会产出死豆，而经过水洗处理後可能会转变为棕色，而这些豆子会形成臭酸味以及其他异味。」
萎凋病
萎凋病是一种受真菌感染的咖啡树干的脉管疾病，会阻绝水分与树液的循环，导致落叶、枝条坏死、果实成熟时间过早。
使用这些外观红色却未熟的果实，可能会让咖啡丧失酸质，增加苦味，甚至出现果实未熟的青味。
粉红病（Pink Disease暂译）
粉红病是另一个受真菌感染的植物疾病（常见於咖啡、可可等经济作物），会让枝条出现粉红色的网状物，受感染的枝条会失去叶子导致死亡。此疾病主要出现在巴西的咖啡产区。
如何预防咖啡病虫害
预防病虫害最好的方法就是良好的农田管理。品种的选择、遮阴树管理、杀虫剂的选用、植物的施肥都是考量的重点。
瓜地马拉咖啡生产者及出口商Francisco提到，病虫害可以透过良好的施肥来预防，同时监控生长环境的温度湿度是很重要的动作，可以让咖啡树在最佳的时间生长并有良好的遮阴。
修剪与环境卫生
建议咖啡树需要排定修枝行程，至少每五年要进行一次修剪，一旦超过这个时间，会让咖啡树提高感染叶锈病的风险。
但修剪咖啡树的过程可能会碰伤植物，而这些伤痕会容易受到真菌感染，特别是在雨季，所以修剪枝条与除草时需要避免碰伤咖啡树。
同时也要注意修剪器具的清洁，以免咖啡树之间互相感染。这些控制病虫害的措施，称之为植物防疫措施。
种植的监控
监控对於预防咖啡树病虫害是关键，在农田端监控病虫害有助於防止大规模疫情爆发，同时最大限度的减少化学用品的使用。不同国家的监控规范则有所不同。
哥伦比亚咖啡生产者Jhon Espitia说道，生产者需要纪录开花的时间，以及施肥的时间与剂量，他建议使用土壤分析来确认具体的营养需求，并安排特定日期施肥并且监控。
他同时表示，农民需要追踪咖啡树的遮阴、雨量、湿度等。透过监控这些环境的条件，可以达到驱离病虫害的效果。
杀虫剂与替代方案
如果咖啡树不幸感染病虫害，一般人最先想到的可能是杀虫剂，但化学杀虫剂可能会造成水污染，破坏当地生态系统，导致野生动物的死亡。
法国研究报告指出，使用杀虫剂会减少害虫的天敌，导致日後害虫数量可能会增加，而大众也意识到化学药剂对人体会造成危害，而找出不用杀虫剂的方法也可以预防咖啡树产生抗药性。
但有时候使用杀虫剂是必要的。同一份报告指出「在良好管理的除虫管理计画之下使用杀虫剂，可以改善咖啡品质」，所以不用完全避免杀虫剂的使用，可以同时研究出不用杀虫剂的更好方法，双管齐下。
不使用化学药剂控管疾病的一个例子，就是对抗咖啡蠹虫的害虫综合管理，这个方法使用控制环境和捕食者来预防咖啡蠹虫。
哥伦比亚咖啡组织表示，当地农民会在咖啡田放出黄蜂，这些黄蜂会捕食果实内的蠹虫。此外也会在咖啡树撒上霉菌，以破坏咖啡蠹虫的侵扰。该组织表示此种方法「允许哥伦比亚出产的咖啡维持低程度的污染，并让出口的咖啡有稳定产量及品质。」
设陷阱也是另一个不使用杀虫剂就能预防害虫的例子。
咖啡生产者面临许多挑战，因为有许多不可控的条件，诸如气候变迁、全球经济变化、害虫与疾病的管理等，了解咖啡树的害虫与疾病是控制变化的第一步。
纪录数据病使用植物防疫技术，只要使用一些小方法，就可以不用投资重本就能减少病虫害的发生率。
