咖啡的发酵是咖啡湿法加工中最重要的步骤之一，关系到咖啡质量的好坏。很多人都会问发酵为的什么?这个问题一般都会说为的是脱胶;其实不然，咖啡内果皮上的粘液，是有糖、酶、原果胶质和果胶质组成的一种有机物质，通过细菌作用进行自然发酵可溶解，便于洗去;另外，发酵时的“浸泡”也能使咖啡豆的各种成分相互渗透，提高产品的均匀度。

湿法加工(也就是我们所说的水洗豆)的咖啡无论用什么方法除去粘液，都应当将其完全除去，否则残留的粘液会给微生物提供有利的媒介，致使咖啡出现怪味。发酵过程中应避免发酵过度或发酵不完全现象，发酵过度会导致咖啡豆表面变黄，影响了质量;发酵不完全会使咖啡内果皮带有果胶，在贮藏过程中吸湿，以致咖啡有霉味，所以在初加工过程中发酵是最为关键，不同的温度环境发酵时间也有不同，以手搓有糙感为准，清洗后再用清水浸泡8-10小时就可以晒床上，晒干或半日晒半阴干。