咖啡中的化学成分十分复杂，有上千种至多，甚至还有近200种未知的化学物质，但鉴于咖啡作为世界第三大贸易品，西方国家和阿拉伯国家已有数百年的饮用史也未见其死亡率高于中国人，可见咖啡作为一种饮料还是安全的。

咖啡中最臭名昭著的莫过于 咖啡因了，虽然咖啡因在茶、可乐等日常饮料中普遍存在，甚至某些茶类饮品中的咖啡因含量高于咖啡，但由于这种物质就叫“咖啡”因，所以说到它我们就会想起咖啡。

咖啡中的咖啡因含量应品种而有很大的出入，一般阿拉比卡种的咖啡因含量在1.1%~1.5%，罗百斯特种的咖啡因含量则高达2.5~4%。另外咖啡因的水溶性还受到萃取温度和时间的影响，一般一杯美式咖啡的咖啡因在150mg左右，手工咖啡(虹吸壶等)120mg左右，意式咖啡则在80mg左右。

人体一天的咖啡因摄入在300mg以内是安全，当然根据身高体重体质会有所不同，但一般来说每天3杯高品质的咖啡是没有任何问题的。