黏膜的附着力很强，并不容易去除，必须放在槽内约18-36小时，使其发醇，并分解黏膜。发酵的方法有两种，即湿行发醇与干式发醇，顾名思义，前者加水，后者不加水。发醇的过程中，种子和内部的果肉会产生特殊的变化，这是水洗法之中最影响咖啡风味的一个步骤。有些农场会添加热水或醇素，以加快发醇的速度，这对质量会有负面的影响，并不受精选咖啡爱好者欢迎。经过水洗之后，这时，咖啡豆还包在内果皮里，含水率达50%，必须加以干燥，使含水率降到12%，否则他们将继续发醇，变霉腐败。较好的处理方法是使用阳光干燥，虽然得费时1个-3个星期，不过，风味特佳，相当受到喜爱。另外，有些地方使用机器干燥，大量缩短处理时间，使得风味不如阳光干燥的咖啡。1，选豆：

将采收的果实放到装水的水槽里，成熟的果实会沉下去，而未熟和过熟的果实则会浮上来，可以加以剔除。

2，干燥：

将筛选的成熟果实放在广场上暴晒5-6日，直到充分干燥为止。这时，果实变的深褐色，含水率13%

3，脱壳：

干燥之后的果皮变得易碎，容易脱落，便可用机器除去。企业化经营的农场通常自设脱壳工厂，小农庄则交由处理中心代为加工

接着，使用架高的木框架或整片棚架来做日晒，这样可以避掉豆子放在地上沾染杂味的风险。在曝晒过程中，要悉心的照看豆子，让咖啡豆能均匀地曝晒失水;每隔三到五天，咖啡工人们会把瑕疵发霉的豆子以人工筛选剔除。因此到曝晒完成，豆子进场去果皮、肉之前，一片晒得艳丽深红的咖啡樱桃，已经是瑕疵很少的等级了

这种方法在巴西极为常见。自然水洗法与水洗法极为相似，不同之处在于自然水洗法是用高压水洗机去除咖啡表层的粘膜的，从而跳过的发酵过程。巴西和哥伦比亚的数家咖啡生豆处理公司已将这种方法申请专利，并成为了当地的自然水系加工发垄断企业。这种方法的用水量远低于水洗发，因此有些人习惯称之为“半干燥法(Semi-Dry)”。由于没有经过发酵，咖啡豆并不存在(或仅存在极低的)发酵风险，咖啡的整体品质更加恒定。但不幸的是，咖啡由于没有发酵，口味会趋于平淡。因此，种植者不会对超高品质的咖啡豆种使用自然水洗法。大部分生豆采购公司也很少购买经自然水洗法加工处理的咖啡哦度哥斯达黎加几乎全部产区都在使用蜜处理法。这种方法也在整个中美洲广为流传