约在150万至3.5万年前生活于印度尼西亚群岛，称之为爪哇猿人。智人约于4.5万年前进入该地区。

公元3－7世纪建立了一些分散的封建王国。有记载的的朝代包括信奉佛教的室利佛逝（7世纪中叶~1293年）[4]  ，后被麻喏巴歇征服；控制马六甲海峡的新柯沙里王国（1222~1292年）[5]  ，引发了元爪战争，之后王室借助元朝军队在爪哇建立了印尼历史上最强大的麻喏巴歇封建帝国（1293~1478年）。

15世纪，葡萄牙、西班牙和英国先后侵入。1596年荷兰侵入，1602年成立具有政府职权的“东印度公司”，1799年底改设殖民政府。

1942年日本占领印尼，1945年日本投降后，印尼爆发八月革命，1945年8月17日宣布独立，成立印度尼西亚共和国。

印度尼西亚独立后，先后武装抵抗英国、荷兰的入侵，发动了三次独立战争。1947年后，荷兰与印尼经过多次战争和协商，于1949年11月签订印荷《圆桌会议协定》。根据此协定，印尼于同年12月27日成立联邦共和国，参加荷印联邦。

1950年8月印尼联邦议院通过临时宪法，正式宣布成立印度尼西亚共和国，同一年印尼成为联合国第60个成员国。1954年8月脱离荷印联邦。

1967年，印尼与马来西亚、菲律宾、新加坡和泰国成立了 “东南亚国家联盟”（ASEAN，简称“东盟”），东盟已经拥有10个成员国，印尼是最具影响力的成员之一。[6] 

1997年亚洲金融危机对印尼造成全面冲击，引起局势动荡。

1998年5月，执政长达32年的苏哈托总统辞职，副总统哈比比接任总统。1999年10月，印尼人民协商会议（简称人协）选举瓦希德为总统，梅加瓦蒂为副总统。2001年7月23日，人协特别会议以渎职罪罢免瓦希德总统职务，梅加瓦蒂接任总统，哈姆扎·哈兹任副总统。

2004年7月，印尼举行历史上首次总统直选，原政治安全统筹部长苏西洛和人民福利统筹部长尤素夫·卡拉（Muhammad Jusuf Kalla）通过两轮直选胜出，2004年10月20日宣誓就任总统和副总统。

2005年8月，印尼政府与“亚齐独立运动”分离组织达成和平协议。2006年7月，印尼国会通过亚齐管理法。2006年12月，亚齐举行地方选举，前“亚独运动”领导人伊尔万迪·尤素夫（Irwandi Yusuf）和穆罕默德·纳扎尔（Muhammad Nazar）当选省长和副省长。2012年4月，前“亚齐独立军”领导人宰尼·阿卜杜拉（Zaini Abdullah）和穆扎基尔·马纳夫（Muzakir Manaf）当选省长和副省长，任期至2017年猫屎咖啡，是由印尼椰子猫（一种麝香猫）的粪便作为原料所生产，故叫“猫屎咖啡”。该种动物主要以咖啡豆为食，在椰子猫胃里完成发酵后，破坏蛋白质，产生短肽和更多的自由氨基酸，咖啡的苦涩味会降低，再排出来的粪便便是主要原料，由于咖啡豆不能被消化，会被排泄出来，经过清洗、烘培后就成了猫屎咖啡。咖啡评论家克里斯鲁宾说，“酒香是如此的丰富与强烈，咖啡又是令人难以置信的浓郁，几乎像是糖浆一样。它的厚度和巧克力的口感，并长时间地在舌头上徘徊，纯净的回味。”

椰子猫属于杂食性动物，除了食用种子为生，也吃昆虫及蛇类、鸟类、两栖爬行类，因此真正野生的椰子猫排放出来的粪便，会混杂着各种物质。印尼当地有农民等捕捉椰子猫来饲养，喂食咖啡豆来造。但人工培育与天然的毕竟还是有一定区别在咖啡工业界，猫屎咖啡被广泛认为是一种以新奇为卖点的产品。美国特种咖啡协会（Specialty Coffee Association of America，SCAA）表示“业界的共识是它尝起来很差”。SCAA引用一位咖啡专家的评论说：“显然，猫屎咖啡的卖点在于它的故事而不是它的质量。采用SCAA的标准，猫屎咖啡的评分比其他三种咖啡的最低分还要低两分。可以推测猫屎咖啡的处理过程淡化了优质的酸度和口味而使口感更加平淡。当然很多人似乎也将这种平淡口味看作是这种咖啡的优点。”

华盛顿邮报的食品专栏作者Tim Carman曾评论了在美国销售的猫屎咖啡，并作出结论说“它尝起来就跟Folger牌咖啡一样。像是烂掉的、没有生命的味道。像是在洗澡水里泡了石化的恐龙屎。我没法喝完它