湿处理过程需要更大的资金投入和更多的精力，但此法却有助于保证咖啡豆的质量，减少损害。干湿两种方法最主要的区别是：在湿处理过程中，果肉被立即从咖啡豆上分离开，而不像干燥法那样让其变干。

　　果肉在分离机中是这样被分离的——在具有一个固定面和一个活动面的机器中或者在有可活动杆的机器中，果实被压碎，从而果肉与咖啡豆分离。为了保证咖啡豆的质量，果肉的分离必须在收获后尽可能快地进行，在12小时之内是最理想的，但是不能超过24小时。若咖啡豆被放置时间过长，果肉就会变得很难与咖啡豆分开了，从而导致不完全分离而可能损坏咖啡豆。

　　与咖啡豆分离的果皮和果肉将用水冲洗掉。冲洗槽设计成具有将轻而嫩的咖啡豆与厚实而成熟的咖啡豆分开的功能。这样的分离也可以由奥高(Aagaard)分等机来完成。奥高是挪威的一名咖啡种植者，他在肯尼亚种植咖啡期间，设计了一套装置，通过过滤器把咖啡豆筛选进入一个大的水容器里，大而饱满的咖啡豆首先沉入水中，比较轻的咖啡豆则一直待在大容器里。在这一加工过程中，水可以循环使用。

　　下一步骤是最基本的发酵，也就是利用酵素的作用，分离覆盖在内果皮上的滑腻胶浆。咖啡豆被贮存在发酵箱内大约12～36小时，所用时间主要是由周围的温度、胶浆的厚度和酵素来决定的。当这个过程完成以后，咖啡豆周围的内果皮不再粘滑了而是有卵石般的手感。

　　在整个湿处理过程中质量控制对防止咖啡豆腐烂至关重要，因为即使只有一粒咖啡豆烂掉，都有可能损害全部咖啡豆。基于这个原因，所使用的设备必须天天清洗以确保进行下一轮加工之前没有任何杂质留下。